Nasceu em Xisto (Porto), em 1551. Tendo sido soldado na Índia, dirigiu-se como mercador para o Japão, onde entrou na Companhia de Jesus, após um naufrágio, do qual escapou quase milagrosamente, com toda a mercadoria. Como homem experiente do mundo, desempenhou, na Ordem, alguns cargos de responsabilidade até que, sobrevindo a perseguição, foi preso juntamente com o Beato Carlos Spínola, S. J.

Passavam de 30 os confessores da fé concentrados na prisão de Omura, onde sofreram quatro anos de tormentos os que chegaram ao fim, antes que chegasse o martírio das covas, catanas, cruzes, lanças, fogo ou gelo. Em tão atrozes sofrimentos naquela prisão, o segundo a sucumbir foi o irmão Fernandes, com 69 anos de idade e 43 de vida religiosa e missionária.

Assim conta, em resumo, o Beato P. Carlos Spínola o trânsito do venerando ancião: «Com o vento desnevado daquele dia 7 de Janeiro de 1620, o Irmão caiu meio paralítico e sem fala. Tendo-se confessado e comungado aquele mesmo dia, perguntei-lhe se morria satisfeito por amor de Cristo. Respondeu apenas que se fizesse, em tudo, a santíssima vontade de Deus.

Mais lhe disse, se queria armar-se, para o último combate, com a santa unção dos doentes. Respondeu com o seu último sim. Administrada esta já quase de noite, enquanto todos cantavam salmos e ladainhas, com semblante alegre e angélico voou o santo irmão para a companhia dos Anjos e dos Santos.

Por fim, como melhor conclusão, entoámos ainda o salmo "Laudate Dominum", admirando o termo e a coroa da vida tão santa e sacrificada dum irmão missionário, tão amável e amado de todos».

Os mais que continuaram encarcerados, foram levados ao martírio em Nagasáqui, a 10 de Setembro de 1622, sendo uns queimados e outros decapitados.

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